기업이 운영하던 ‵기업부설연구소‵가 부실화되어 직권취소된 곳에 투입된 혈세가 2천억원이 넘어 근본적인 제도 개선이 시급한 것으로 나타났다.

‵기업부설연구소‵가 부실화되어 직권취소된 곳에 투입된 혈세가 2천억원이 넘어 근본적인 제도 개선이 시급한 것으로 나타났다.

국회 과방위원회 이정문 의원(더불어민주당, 충남 천안병)이 과기부로부터 받은 국정감사 자료를 분석한 결과, 최근 5년간(‵17~‵21년) ‵직권취소‵ 기업부설연구소에 투입된 세제지원 규모가 2,839억원에 달하는 것으로 나타났다.

5년간 기업부설연구소 등록 건수는 74,612곳으로, 벤처기업ㆍ연구원창업ㆍ중소기업 등 소규모 기업부설연구소가 73,752곳(98.8%)으로 대부분을 차지하였고, 대기업ㆍ중견기업은 806곳이 등록하였다.

기업부설연구소 내 연구전담요원 수가 5인 이하인 곳은 72,814곳으로 절대 다수를 차지(97.6%)하였고, 특히 연구전담요원이 1명인 연구소도 31,923곳(42.8%)에달했다.

서울ㆍ경기ㆍ인천 등 수도권에 전체 기업부설연구소의 2/3 이상이 몰려있었고(49,981곳, 67.0%), 경남권ㆍ충청권ㆍ호남권이 뒤를 이었다.

기업부설연구소로 등록한 기업들이 받은 국제ㆍ지방세제 지원(조세지출) 규모는 5년간 약 5조 5천억원으로, 그 중 대기업에 대한 세제 지원 규모는 약 3조 7천억원(67.0%)으로 집계됐다. 등록 기업부설연구소의 1%도 되지 않는 대기업이 대부분의 해택을 독식하고 있는 것이다.

이외에도 전문연구요원(병무청), 우수기업연구소육성(ATC+) 사업(산자부), 벤처 이노비즈 인증(중기부) 등 유ㆍ무형의 다양한 혜택이 있다.

기업부설연구소를 거짓ㆍ부정한 방법으로 인정을 받거나, 소속된 기업의 폐업, 규정한 인정기준에 미달, 연구개발활동이 없는 등 기업부설연구소 인정 취소 요건에 해당하는 경우, 주관부처인 과학기술정보통신는 직권으로 이를 취소할 수 있다.

최근 5년간 20,425곳의 기업부설연구소가 직권취소 되었는데, 취소 사유로는 ▲인적/물적 ‵요건 미달‵ 9,529건, ▲‵연구개발활동 없음‵ 5,026건, ▲‵휴/폐업‵ 4,033건 순이였으며, 특히 허위로 신고하여 불법적으로 기업부설연구소를 운영하다 적발되어 취소된 경우도 98건에 달했다.

문제는 매년 등록ㆍ취소되는 기업부설연구소가 워낙 많다 보니 직권취소되는 연구소에 대한 사후관리가 부실하게 이루어지고 있다는 것이다. 특히 직권취소 연구소 중 ‵허위 신고‵ 등 불법 운영으로 부당하게 세제 혜택을 받은 경우는 세무조사 등을 통해 세액 환수에 나서야 하지만 국세청은 관련 통계조차 제대로 집계하지 않는 것으로 나타났다.

이는 과기부가 기업부설연구소 신고관리 체계 개선에 소홀했던 점도 한 원인으로 지적된다. 감사원은 ‵18년 기업부설연구소 인정 관련 업무 전반에 대한 감사를 실시하여 국세청 등 관계부처와 협의하여 관련 행정정보를 공동이용 하는 개선 방안 마련 등을 주문했다. 과기부는 감사원ㆍ국회 지적에 따라 「기초연구법」시행령ㆍ시행규칙을 개정하여(‵22.8), 4대 보험 관리기관(국민연금, 국민건강보험공단 등)으로부터 연구전담인력 고용여부 자료 등을 제공 받을 수 있는 근거를 마련했다.

그러나 여전히 국세청ㆍ관세청과는 신고관리 체계 개선을 위한 별다른 협의 없이 연구소 취소 명단만을 전달하는 등 기지원된 세제 혜택 환수를 위한 과세 당국과의 협업ㆍ개선 방안 마련에는 미온적인 입장이다.

요식 행위로 전락한 기업부설연구소 청문 제도도 문제이다. 과기부는 연구소를 취소하기 위해서는 청문을 실시하여야 하고, 최근 5년간 41,053곳 기업을 대상으로 35회 청문을 실시하였다.

청문회 1회당 평균 1,172여곳의 청문 대상을 단 4명의 청문위원이 전부 심의하는 구조적인 문제가 가장 심각한 것으로 나타났다. 가장 최근 청문회(‵22.7.26)에서는 무려 1만 6천곳의 연구소가 청문 대상이였다.

청문 대상 연구소는 단 5~10분 정도의 시간만 주어지며, 인적ㆍ물적 상황 등 기본적인 사실관계만 발언해도 주어진 시간이 대부분 지나가 세세한 내용은 제대로 설명조차 할 수 없다.

청문에 필요한 인력이 부족하다 보니, 청문에 필요한 사실관계 조사를 위한 현지 확인도 전체 청문 대상 41,053곳의 1/3에 불과한 15,842곳(38.6%)밖에 실시하지 못한 것으로 나타났다.

이러한 청문 제도의 구조적인 문제 개선을 위해 ①인적ㆍ물적 요건 미비 등 계량적으로 확인 가능한 취소 요건은 최대한 청문 정차를 간소화 하고, ②사정 설명이 필요한 경우 정식 절차를 거치도록 하여 청문 제도의 내실을 다질 필요가 있다.

이정문 의원은 “‵81년 관련 제도 도입 이후 몇십 년간 기업부설연구소 제도가 이어지면서 기업 입장에서는 당연히 받아야 할 권리로, 정부 입장에서는 요건만 갖추면 기계적으로 세금을 깎아주는 의무가 되어버린지 오래다”라며,

“타성에 젖어 익숙한 것에 안주하면 혁신은 불가능하다. 과기부는 ▴과세 당국과 적극 협의하여 불법적으로 부여된 세제 혜택 환수 방안을 강구하고, ▲요식 행위가 된 청문 제도의 내실화 방안을 마련하면서, ▲장기적으로 기업 연구개발 역량 제고 및 대기업ㆍ수도권 쏠림 현상 완화를 위한 근본적인 제도 혁신을 추진해야 한다”고 과기부의 적극적인 역할을 강조했다.